التنيط الجيني للمكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميسيلين في مستشفى الخرطوم التعليمي
====
الباحث: د / عيضة علي بن حميد
الدرجة العلمية: دكتوراه
الجامعة: جامعة النيلين
بلد الدراسة: السودان
لغة الدراسة: الإنجليزية
تاريخ الإقرار: 2008
نوع الدراسة: رسالة جامعية
====
المخلص
تمثل جراثيم المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثيسيللين (MRSA) مشكلة صحية كبيرة في جميع مستشفيات العالم. ووجد أن معدل انتشار مقاومة جراثيم المكورات العنقودية الذهبية للمضادات الحيوية في زيادة متسارعة وخصوصا في العدوى المكتسبة في المستشفيات، لذا هدفت هذه الدراسة لتحديد معدل تكرار الإصابة بجراثيم المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسيللين وتحديد أنماط انتشار حساسية المضادات الحيوية لهذه الجراثيم في مستشفى الخرطوم التعليمي في السودان، وتحليل النمط الجزيئي لهذه الجراثيم بواسطة اختبار تفاعل البلمرة التسلسلي (PCR) وتحديد الطول الجزيئي المحدد التبايني (PCR-RFLP).
منهجيـة الدراســة
هذه دراسة مقطعية لتشخيص جراثيم المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثيسيلين (MRSA) المعزولة من مستشفى الخرطوم التعليمي في الفترة من سبتمبر 2005 إلى أغسطس 2007 م بطرق التنميط الجيني لمعرفة مصدر وانتشار العدوى المكتسبة بهذه الجراثيم. جمعت عينات جراثيم المكورات العنقودية الذهبية من أنواع مختلفة للجروح السريرية في أقسام الجراحة والعظام ووحدة الحروق بمستشفى الخرطوم التعليمي. جميع هذه العزلات تم تزريعها ودراسة حساسيتها للمضادات الحيوية بطريقة الانتشار من الأقراص.
بالنسبة للخصائص الجزيئية للجينات فقد تحديدها بواسطة اختبار تفاعل البلمرة التسلسلي (PCR) للجين النوعي للمكورات العنقودية الذهبية (S. aureus specific gene) والجين المسئول عن وجود المقاومة للميثيسيلين (mecA gene) وجين إنزيم التلزن (coagulase gene)، أما الطول الجزيئي لإنزيم التلزن فتم تحديده بواسطة اختبار تفاعل البلمرة التسلسلي وتحديد الطول الجزيئي المحدد التبايني (PCR-RFLP) بواسطة الإنزيم القاطع Alu1.
النتـــــائج
تم عزل 48 من جراثيم المكورات العنقودية الذهبية بنجاح وتم التعرف على 9 منها كانت مقاومة للميثيسيلين وهي تمثل نسبة 18,75%. أظهرت النتائج أن جميع عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة والحساسة للميثيسيللين كانت حساسة للفانكومايسين، وأن المقاومات المركبة للمضادات الحيوية كانت شائعة في جراثيم الـ MRSA.
قسمت جراثيم المكورات العنقودية الذهبية إلى 3 مجموعات: المجموعة الأولى من قسم الجراحة وعددها 28 (58.3%)، المجموعة الثانية من قسم العظام وعددها 14 (29.2%)، المجموعة الثالثة من وحدة الحروق وعددها 6 (12.5%). تفاعل البلمرة التسلسلي (PCR) للجين النوعي للمكورات العنقودية الذهبية (S. aureus specific gene) وجد عند 107 bp لجميع العزلات، والجين المسئول عن وجود المقاومة للميثيسيلين (mecA gene) وجد عند 1319 bp لعدد 9 عزلات، وجين إنزيم التلزن (coagulase gene) وجد تقريبًا عند 500 bp (26/48) و 580 bp (22/48).
أما تفاعل البلمرة التسلسلي وتحديد الطول الجزيئي المحدد التبايني (PCR-RFLP) لإنزيم التلزن لجراثيم المكورات العنقودية الذهبية بواسطة الإنزيم القاطع AluI فقد وجد أن هناك نمطين coaA وcoaB عند 190, 310 bp و 190, 390 bp تقريبًا وبهذه النسب 54.2% (26/48) و 45.8% (22/48) على التوالي.
ويستخلص من هذه الدراسة أن تكرار المقاومة والمقاومة المركبة للمضادات الحيوية لجراثيم الـ MRSA شائعة في الجروح الملتهبة.
إن اختبار تفاعل البلمرة التسلسلي كان أكثر ثقة ودقة لتحديد الجينات المسؤلة عن الجنس والنوع لجراثيم المكورات العنقودية الذهبية بالإضافة إلى تحديد الجين المسئول عن المقاومة للميثيسيللين.
يمثل فحص تفاعل البلمرة التسلسلي وتحديد الطول الجزيئي المحدد التبايني نظاماً أكثر ثقة ودقة للتنميط الجزيئي لجراثيم المكورات العنقودية الذهبية وانتشارها في المستشفيات.
Abstract
Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a major problem in
This is a cross-sectional study performed to detect the methicillin resistant S. aureus (MRSA) isolates collected from Khartoum Teaching Hospital during September 2005 and August 2007 by various molecular genotyping methods.
The samples were collected from clinical wound specimens in the wards of surgery, orthopaedic and burns, then processed, cultured and subsequently susceptibility test was performed using disc diffusion method.
Polymerase chain reaction (PCR) was used to amplify a sequence of the S. aureus specific gene, methicillin resistant (mecA) gene and coagulase (coa) gene. PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) based on coagulase gene polymorphism was also evaluated by Alu1 restriction enzyme.
Forty eight S. aureus isolates were collected and the number of MRSA identified was 9(18.75%). All strains of MRSA and MSSA were sensitive to vancomycin, while multi-drug resistance was observed to be common among MRSA strains.
The isolates were classified into 3 groups; group І: S. aureus isolated from the surgical ward (No. =28; 58.3%),
group ІІ: S. aureus isolated from the orthopaedic ward (No. =14; 29.2%), and
group ІІІ: S. aureus isolated from the burns unit (No. =6; 12.5%). PCR
amplification of the S. aureus specific gene produced at 107 bp of all isolates. mecA gene yielded the amplicon size at 1319 bp (9/48), and coa gene produced amplification products approximately at 500 bp (26/48), and 580 bp (22/48).
Two distinct PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) patterns of coagulase gene exhibited among isolates of S. aureus; coaA and coaB. With AluΙ restriction enzyme digested, the product fragments were approximately at 190, 310 bp and 190, 390 bp with percentages of 54.2% (26/48) and 45.8% (22/48) respectively.
Wound infections showed common multiple antibiotic resistant of MRSA.
The PCR assay appears to be more reliable and accurate test for both the genus and the species of S. aureus, as well as for detection of MRSA-PBP.
PCR-RFLP represents a powerful, rapid, and reliable molecular genotyping system for detection of S. aureus in hospitals.
hospitals around the world. There is a growing concern about the rapid rise in resistance of nosocomial infections to antimicrobial agents.
The aims of present study were to determine the frequency rate of infection of MRSA strains in Khartoum Teaching Hospital and to define the molecular genotyping of Staphylococcus aureus strains using polymerase chain reaction (PCR) and polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP).
Materials and methodsThe aims of present study were to determine the frequency rate of infection of MRSA strains in Khartoum Teaching Hospital and to define the molecular genotyping of Staphylococcus aureus strains using polymerase chain reaction (PCR) and polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP).
This is a cross-sectional study performed to detect the methicillin resistant S. aureus (MRSA) isolates collected from Khartoum Teaching Hospital during September 2005 and August 2007 by various molecular genotyping methods.
The samples were collected from clinical wound specimens in the wards of surgery, orthopaedic and burns, then processed, cultured and subsequently susceptibility test was performed using disc diffusion method.
Polymerase chain reaction (PCR) was used to amplify a sequence of the S. aureus specific gene, methicillin resistant (mecA) gene and coagulase (coa) gene. PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) based on coagulase gene polymorphism was also evaluated by Alu1 restriction enzyme.
Results
Forty eight S. aureus isolates were collected and the number of MRSA identified was 9(18.75%). All strains of MRSA and MSSA were sensitive to vancomycin, while multi-drug resistance was observed to be common among MRSA strains.
The isolates were classified into 3 groups; group І: S. aureus isolated from the surgical ward (No. =28; 58.3%),
group ІІ: S. aureus isolated from the orthopaedic ward (No. =14; 29.2%), and
group ІІІ: S. aureus isolated from the burns unit (No. =6; 12.5%). PCR
amplification of the S. aureus specific gene produced at 107 bp of all isolates. mecA gene yielded the amplicon size at 1319 bp (9/48), and coa gene produced amplification products approximately at 500 bp (26/48), and 580 bp (22/48).
Two distinct PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) patterns of coagulase gene exhibited among isolates of S. aureus; coaA and coaB. With AluΙ restriction enzyme digested, the product fragments were approximately at 190, 310 bp and 190, 390 bp with percentages of 54.2% (26/48) and 45.8% (22/48) respectively.
Conclusion
Wound infections showed common multiple antibiotic resistant of MRSA.
The PCR assay appears to be more reliable and accurate test for both the genus and the species of S. aureus, as well as for detection of MRSA-PBP.
PCR-RFLP represents a powerful, rapid, and reliable molecular genotyping system for detection of S. aureus in hospitals.
اترك تعليق: