إعـــــــلان

تقليص
لا يوجد إعلان حتى الآن.

سؤال في الــ Bioinformatices + DNA sequence

تقليص
X
تقليص
 
  • الصفحة لـ 2
  • تصفية - فلترة
  • الوقت
  • عرض
إلغاء تحديد الكل
مشاركات جديدة
السابق 1 2 template التالي
  • #1

    سؤال في الــ Bioinformatices + DNA sequence

    السلام عليكم ورحمة الله وبركاته
    الرجــــــــــــااااااااء مساعدتي بأسرع وقت ممكن:sm180:
    انا طالب بكلية الحاسب والمعلومات .
    عندي مشروع التخرج يتعلق بـــ bioinformatics
    حيث سنقوم بتطوير system . المدخلات له هي DNA sequence
    والمخرجات DNA aligned sequence
    اي
    We will develop algorithms to align DNA sequence
    المشكله اني ماني فاهم أي شي من هذه المصطلاحات:sm200::sm175:
    ياريت توضحون لي او" تشروحون" اذا تكرمتم ماهي:
    الـــ
    Bioinformatics *
    DNA sequence *
    Multiple sequence alignment *
    DNA aligned sequence *
    Molecular biology*
    Genetics *
    ……….etc.
    واشياء ما ادري ايش هي.:sm175:
    اتمنى شرح مبسط ومفصل اذا تكرمتم
    واذا في احد يريد ان يتعاون معنا طول الترم :sm188:. حيث نريد بيانات ومعلومات اخرى نتعامل معها ونشتغل عليها
    كــ input للنظام.......:sm198:


    نــــــــــــور
    التعديل الأخير تم بواسطة نــــــــــــور; الساعة 20-10-2007, 12:52 PM.
    الكلمات الدلالية (Tags): لا يوجد
  • #2
    حياك الله اخي السائل ..

    أتمنى أن تجد مبتغاك من خلال الروابط التالية..


    ماهي المعلوماتية الحيوية


    Bioinformatics and databases

    و بالنسبة للــ Sequence اتوقع انك راح تكون مهتم بكيف يحول البرنامج القراءه إلى رموز نستطيع من خلالها قراءه القواعد النتيروجينيه على الــ DNA

    http://www.arabslab.com/vb/showpost....14&postcount=7


    لا تترد في الإستفسار

    تعليق

    • #3
      جزاك الله خيرا
      اختي الواقع والحياد
      راح اطلع عالروابط وان شاء الله تفيدني

      تعليق

      • #4
        السلام عليكم ورحمة الله وبركاته
        بس معليش حبيت اسأل ماهو DNA sequencing

        تعليق

        • #5
          طيب أخوي لانك مو متخصص بالمجال بحاول اعطيك فكره عن DNA sequencing

          الفكره الأساسيه من DNA sequencing هو قراءة ترتيب القواعد النيتروجينية الموجوده على الــ DNA و هي أربع قواعد

          A , T , C , G هذي القواعد تكون متتابعة و متسلسة تكون ما يسمى بالجين ..

          طبعا أنا أكون عارفه ترتيب القواعد في بداية الجين و عارفه بداية ترتيب القواعد في الجين اللي يلي الجين اللي انا ادرسه

          في المرحله هذي أبدأ بقراءه القواعد النتيروجينه في المنطقه اللي انا حاصرتها و أبدا الدراسه بحيث تشمل

          معرفه عدد القواعد أي كم طولها ... (تختلف الأطوال باختلاف الجينات فيه جينات طويله جدا و فيه جينات قصيره)

          مقارنة القواعد بـ standerd sequnce معروف مسبقاً من بنك الجينات و ملاحظه اذا فيه اي اختلاف بينهم لو كان عندي طفره mutation

          تأمل معاي هذا الفلاش زين و ركز من section 11 لانه يشرح تحويل الإشارات المقروءه في الجهاز إلى data

          http://www.wiley.com/college/pratt/0...ing/index.html


          قراءه الترتيب تكون كذا مثل هذي الصورة




          و هذي صفحة ممكن تلاقي فيها برامج تساعدك على الــ sequence

          http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Ftp/

          Major resources available by ftp

          BLAST Basic Local Alignment Search Tool


          آسفة لو كان الشرح مو واضح ..

          تعليق

          • #6
            هذا برنامج حصلته و هو free حاول انك تنزله و تتعامل معاه خاص بالــ Sequence

            اسمه Chromas


            http://www.technelysium.com.au/chromas.html

            و للتحميل http://www.technelysium.com.au/chromaslite201.exe

            تعليق

            • #7
              Assalamu alaikom

              I will give u a full explanation for this....
              there is a tool that u use to align DNA sequences and form an algorithm for the same sequences....



              Just when i come back at night...i will add a detailed reply:sm198:
              راح إجمع الغيمات... وأعطيهم مواعيد
              وحملهم قنابل... ويطيرون من جديد
              بشي ليلة كانون... بنتلاقى وبنروح
              وبيبلش القواص... والغيمات تشتي
              وقفوني عا لحدود... قال بدهن هويتي
              قلتلن إن بيافا... مخبايتها ستي

              تعليق

              • #8
                شكراً جزيلاً على تفاعلكم معي...
                والله انبسطت وارتحت شوي أني لقيت أحد راح يساعدني..
                جزاكم الله خيرا كلاً من اختيي الواقع والحياد وأخي 82 elza3eem ...
                وأنا بأنتظار ردك أخوي..

                تعليق

                • #9
                  Assalamu alaikom...
                  To do aligning for DNA sequences u must use a bioinformatics tool that accept the sequences as input...more than 1 sequence...
                  aligning are like finding the differences between sequencing.and therefore u can find many things from this alignment..such as which mutations happened....or the number of bases in the gene in different organisms..
                  for example...if u have a sequence from human and mouse..both sequences are taken from chromosome 1...u want to find the differences between them..so u must align them and the bioinformatics tools will highlight the differences or whatever u r looking for....
                  Also there is something called protien alignment...
                  for example if u take a protien from human and the same protien from mouse...u want to see whats different between them..u align them...
                  this tool is available at www.ncbi.nlm.nih.gov

                  and the direct link is....
                  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/bl2seq/wblast2.cgi

                  u dont need to be professional to use this BLAST Tool...just u enter whats required there...but the problem will be when u discuss the results...
                  if u have any problems..please send me mail and i will help you to use this tool


                  best wishes
                  راح إجمع الغيمات... وأعطيهم مواعيد
                  وحملهم قنابل... ويطيرون من جديد
                  بشي ليلة كانون... بنتلاقى وبنروح
                  وبيبلش القواص... والغيمات تشتي
                  وقفوني عا لحدود... قال بدهن هويتي
                  قلتلن إن بيافا... مخبايتها ستي

                  تعليق

                  • #10
                    another tool

                    Here is another tool u can use

                    http://www.ebi.ac.uk/emboss/align/

                    But let me ask u a question?
                    Do u have specific sequences...or do u know how to get the sequence for a specific gene....?
                    راح إجمع الغيمات... وأعطيهم مواعيد
                    وحملهم قنابل... ويطيرون من جديد
                    بشي ليلة كانون... بنتلاقى وبنروح
                    وبيبلش القواص... والغيمات تشتي
                    وقفوني عا لحدود... قال بدهن هويتي
                    قلتلن إن بيافا... مخبايتها ستي

                    تعليق

                    • #11
                      السلام عليكم ورحمة الله وبركاته.......
                      بصراحه ما أدري كيف أشكرك:sm180: . قريت ردك و توضحت لي الكثير من الامــــــــــــــــــور.
                      ما شاء الله قدرت تربط الافكار مع بعض بشكل مبسط بحيث وصلت لي المعلومه.
                      وقد كانت قبل مجموعة نقاط مبعثره لا أعرف ما الرابط بينها ولا من أين و كيف أبداء..:sm200:
                      لكن عندي أستفسار:sm192:
                      هل مفهوم الـ multiple sequence alignment هو اني اقارن بين أكثر من sequence أم ماذا؟؟
                      أما بالنسبه هل راح نشتغل على sequence معين؟؟ والله للان ما أعرف . راح أستفسر من الدكتور أكثر وراح أرد عليك.
                      أما بالنسبه ما إذا كنت أعرف كيف أطلع الـ sequence لجين معين؟؟
                      للاسف لا .
                      أصلا أنا ما أعرف أي شيء في الجينات و DNA و ........:sm175::sm200:
                      أنا تخصصي حاسب.
                      بس قال لنا الدكتور : ان في مشروعنا راح نستخدم بعض الـdata base المتوفره
                      مثل الـ BALIBASE , BRALIBASE , …….
                      على العموم انا راح أستفسر أكثر من الدكتور في أقرب فرصه ممكنه و أرد عليك إن شاء الله..:sm188:
                      بس أنت الله يعطيك العافيه خلك معنا :sm198: ولا تتركنا على الاقل لين نمسك خط البدايه.......
                      تحـــــــياتي...

                      تعليق

                      • #12
                        هل مفهوم الـ multiple sequence alignment هو اني اقارن بين أكثر من sequence أم ماذا؟؟
                        Yessssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssss sssssssssssssssssssssssssssssssssssss

                        أما بالنسبه ما إذا كنت أعرف كيف أطلع الـ sequence لجين معين؟؟
                        للاسف لا .

                        Dont worry i will help u with that


                        على العموم انا راح أستفسر أكثر من الدكتور في أقرب فرصه ممكنه و أرد عليك إن شاء الله..
                        Thats a GOOD Idea


                        خلك معنا ولا تتركنا على الاقل لين نمسك خط البدايه.......
                        Dont worry...i am with you untill the end of the movie



                        elza3eem82
                        راح إجمع الغيمات... وأعطيهم مواعيد
                        وحملهم قنابل... ويطيرون من جديد
                        بشي ليلة كانون... بنتلاقى وبنروح
                        وبيبلش القواص... والغيمات تشتي
                        وقفوني عا لحدود... قال بدهن هويتي
                        قلتلن إن بيافا... مخبايتها ستي

                        تعليق

                        • #13
                          الســـــــلامـ عليكمـ ورحمة الله وبركاتهـ
                          لو سمحت أبغا بعض المواضيع او المواقع تشرح لي
                          Multiple Sequence Alignment
                          بطريقه واضحه و مبسطه ( يفضل ان تكون باللغة الانجليزيه )....
                          أنا بحثت لكن ما وجدت مواضيع كثيره توضح مفهوم الـ MSA بصوره مفهومه لي. كل اللي وجدته أتوقع انه يكون واضح ومفهوم بالنسبه للمتخصصين بهذا الموضوع .
                          أتمنى انك ترد عليّ بأسرع وقت ممكن لاني راح أسلم proposal ******** عن المشروع الاحد واحتاج
                          ان أكتب عن الـ multiple sequence alignment

                          تعليق

                          • #14
                            Assalamu alaikom

                            I think those are the top websites
                            http://lectures.molgen.mpg.de/MSA/index.html

                            http://bib.oxfordjournals.org/cgi/reprint/3/3/303.pdf

                            http://www.sciencedirect.com/science...5f804223c33d79



                            Best regards
                            sami
                            راح إجمع الغيمات... وأعطيهم مواعيد
                            وحملهم قنابل... ويطيرون من جديد
                            بشي ليلة كانون... بنتلاقى وبنروح
                            وبيبلش القواص... والغيمات تشتي
                            وقفوني عا لحدود... قال بدهن هويتي
                            قلتلن إن بيافا... مخبايتها ستي

                            تعليق

                            • #15
                              اللهم اغفر له ولوالديه ماتقدم من ذنبهم وما تأخر
                              وقِهم عذاب القبر وعذاب النار
                              و أدخلهم الفردوس الأعلى مع الأنبياء والشهداء والصالحين
                              واجعل دعاءهم مستجاب في الدنيا والآخرة
                              اللـهم آميـن

                              تعليق

                              السابق 1 2 template التالي
                              يعمل...
                              X